Beliau dilahirkan pada 1 Mac 1849, di Honolulu, Hawaii.[1] Ibu bapanya ialah Henry Richard Macfarlane (meninggal dunia 1860) dan Eliza Macfarlane (1828–1904). Bapanya berketurunan Scotland, dari Clan Highland MacFarlane, manakala ibunya berketurunan Inggeris dari Devonshire. Ibu bapanya berkahwin di Auckland dan merupakan peneroka awal Hawaii yang tiba ke pulau-pulau pada tahun 1846 melalui New Zealand. Saudara-saudaranya ialah: Henry R. Macfarlane, Edward C. Macfarlane, yang berkhidmat sebagai menteri kabinet Ratu Liliuokalani, Frederick W. Macfarlane dan Clarence W. Macfarlane. Adik perempuan Helen Blanche Macfarlane berkahwin dengan William H. Cornwell. Kesemuanya dilahirkan di pulau itu kecuali Henry yang dilahirkan di laut.[2][3][4] Beliau bersekolah di Sekolah Punahou.[5]